Cikal bakal MTsN Dangung-Dangung dimulai dengan didirikannya Sekolah Perguruan Putri oleh Hj. Raabayani Kimin tahun 1936. Pada mulanya peserta didik dari sekolah ini berasal dari warga di sekitar Desa Guguk, Namun kemudian berkembang sampai ke seluruh wilayah Kabupaten Lima Puluh Kota.
Pada tahun 1952, Perguruan Putri berubah nama menjadi SMP Islam. Sesuai
dengan perkembanagan zaman, SMP Islam ini pada akhirnya menerima murid laki-laki.Namun ketika pergolakan PRRI tahun 1958-1963, kegiatan belajar mengajar di sekolah ini ditutup untuk sementara waktu.
Pada tahun 1964 sekolah ini dibuka kembali dan namanya dirubah menjadi PGA (Pendidikan Guru Agama). Berkat kegigihan pendiri dan pengurusnya, maka pada tahun 1970 PGA yang sebelumnya berstatus swasta terkait dengan berubah menjadi PGA Negeri.
Berdasarkan keputusan Mentri Agama RI no. 16 tahun 1978 tentang susunan organisasi dan tata kerja Madrasah Tsanawiyah Negeri, maka PGAN 4 tahun Dangung-Dangung berubah menjadi MTsN Dangung-Dangung.
Pada tahun 2016, MTsN Dangung-Dangung berganti nama menjadi MTsN 3 Lima Puluh Kota berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 675 tahun 2016 tentang perubahan nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Stanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Propinsi Sumatera Barat.
Satu hal yang sangat menarik dalam perkembangan madrasah ini terutama terkait dengan peserta didiknya, madrasah ini dijadikan sebagai madrasah favorit turun temurun sejah tahun 1952. Satu keluarga sambung menyambung menjadi siswa madrasah ini.
Wisuda Tahfidz MTsN 3 Lima Puluh Kota